Gönen, Marmara denizinin olumlu etkisi altındadır. Marmara'nın etkisinin bütün ova üzerinde sürmesinin nedeni denizden buraya kadar doğal bir engelin bulunmamasıdır. Bu nedenle ılıman, yazları sıcak, kışları yağışlı yumuşak Akdeniz iklimi özelliği görülür. Bu özelliğin unsuru olan makilerin şehrin kuzeyindeki varlığı da bu durumu açıklayan bir örnektir. Ancak belirli ve kararlı bir iklimi olduğu tam olarak söylenemez. Bu iklim özelliği çevresindeki yüksekçe yerlerde nisbeten karasallığa dönüşmektedir.
Gönen'de yıllık sıcaklık ortalaması 14°C gibi bir değerdedir. Yağış ortalaması 600-700 mililitre civarında olup en soğuk ayın ortalaması 5°C nin altına inmez.